1955年(S30) 5月 佐藤陽二牧師夫妻、日本基督教団神楽坂伝道所設立。開拓伝道を開始。
1956年(S31) 1月 月刊「えくれしあ」をガリ版刷りで創刊。
1957年(S32) 11月3日 新宿区戸山町の現在地に移転。バラックの佐藤家を解放して同教団 牛込教会発足。
1960年(昭和35年) 11月 満3周年を期して単立・牛込独立キリスト教会として発足。
8月 第1回聖書修養会を上総湊で開催。
1962年(昭和37年) 11月 水曜早天祈祷会開始。のち、毎水曜午前の婦人聖研祈祷会となる。
1964年(昭和39年) 4月 「天路」(証集)を創刊。
1966~1968年 佐藤牧師一家、米国コビナ市に滞在、ミッショナリー・スピーカーとして南カリフォルニアの教会を巡回伝道。
1969年(昭和44年) 11月16日 戸山町のバラックを建て増し、1階を会堂、2階を牧師館として献堂。
1974年(昭和49年) 7月 米国カリフォルニア州・法人コビナ日系人教会が枝教会として誕生。
1983年(昭和58年) 11月 教会墓地(我孫子のラザロ霊園)を購入。
1984年(昭和59年) 9月 カリフォルニア神学大学院日本校開校。
11月 宗教法人設立準備のため、単立・牛込キリスト教会と改名。
1985年(昭和60年) 11月 コビナ日系人教会を牛込キリスト教会コビナチャペルと改名。
1987年(昭和62年) 4月13日 東京都庁より、宗教法人・牛込キリスト教会として認可。カリフォルニア神学大学院日本校を教会の法人下に置く。11月、創立30周年記念礼拝。
1987年(昭和62年) 10月 小野功生夫妻宅を開放し、牛込キリスト教会つくばチャペル発足(鳴門に転居、閉鎖)。
1991年(平成3年) 12月 旧会堂兼佐藤家住宅の正面に鉄筋4階建の新会堂が落成。
1992年(平成4年) 1月19日 新会堂献堂式。『献堂の恵みにあずかる』を刊行。
1993年(平成5年) 10月29日 米国コビナチャペルの建て直し完成、献堂式。
1998年(平成10年) 9月12日 おおむら伝道所設立、長崎県大村市の北島久夫牧師宅。
2000年(平成12年) 2月 定期総会にて、佐藤順副牧師を主任牧師として承認。
2000年(平成12年) 3月26日 電子パイプオルガン奉献式。
2000年(平成12年) 9~10月 佐藤正子牧師 体調崩す。月刊えくれしあ10月号(538号)をもって終刊。
2001年(平成13年) 1月より 藤順牧師 週刊「御翼」(A4版4頁)、月1回発送。
2001年(平成13年) 3月21日 JWCTU正式に発会。世界キリスト教婦人矯風会の加盟団体として教会内に本部設置。世界大会に3年おき出席。ストレトン会長来日
2002年(平成14年) 10月 1日 JWCTU第1回全国大会を牛込キリスト教会/戸山サンライズにて開催(以降1年おき)。
2004年(平成16年) 11月 7日 牛込キリスト教会 大村伝道所設立、代表 坂田末廣神学生。
おおむら伝道所は、牛込キリスト教会シャロームの家として存続。
2005年(平成17年) 5月 教会学校が、乳幼児~小学校高学年、中高生クラス、大学生クラス30代クラス、メンズクラス、成人クラスの体制に拡充。
2007年(平成19年) 8月 第46回聖書研修キャンプを千葉県九十九里浜で開催。
11月4日 創立50周年記念礼拝。「天路」第13号発行。
2009年(平成21年) 3月15日 佐藤有希子牧師、牛込キリスト教会協力牧師に就任